Plusieurs années après la fin de City Hunter, une jeune tueuse à gages de 14 ans dont le nom de code est Glass Heart tente de mettre fin à ses jours

en se jetant du haut d'un immeuble, ne supportant plus de semer la mort et le malheur. Elle échoue dans sa tentative, mais se retrouve empalée, le coeur transpercé.

Parallèlement, Kaori, qui est sur le point de se marier avec Ryô Saeba, meurt en tentant de sauver un enfant sur le point de se faire renverser par un camion.

Son coeur est intact, il est volé par l'organisation qui a engagé Glass Heart et greffé à cette dernière.

Bizarrement, le coeur semble accompagné des souvenirs de son ancienne propriétaire, en particulier ses sentiments très forts vis-à-vis de Ryô Saeba.

Glass Heart va donc essayer de retrouver celui qui occupe ses pensées et d'avoir une vie comme toutes les filles de son âge…